En Moodle 1.9.x el tema elegido en la administración de la plataforma afectaba a todos los cursos o aulas virtuales de dicha plataforma. Es decir, todos los cursos tenían la misma apariencia estética.

El tema de la plataforma, y de los cursos, vendrá definido y seleccionado por la administración de aula virtual y se configurará en la seción Apariencia - Temas de la Administración del sitio.

En la versión 2.x los temas se pueden seleccionar a nivel de curso y en una misma instalación de Moodle podremos ver cursos con temas diferentes. En los temas aparece la opción de elegir uno especial para cursos desarrollados en aplicaciones móviles. Las aulas virtuales tendrán una apariencia distinta con esta funcionalidad.

También es posible permitir a los usuarios elegir sus propios temas o ajustar los temas según las categorías. Permitir estas opciones, como otras, sólo está al alcance de los administradores de un curso o de un sitio, pero no de los demás perfiles o roles de Moodle. En cualquier caso no es muy recomendable ya que el rendimiento de la plataforma puede verse afectado negativamente.